L’origine e la formazione delle collezioni sono legate alla figura di Carlo di Borbone, sul trono del Regno di Napoli dal 1734, e alla sua politica culturale: il re promosse l’esplorazione delle città vesuviane sepolte dall’eruzione del 79 d.C. (iniziata nel 1738 a Ercolano, nel 1748 a Pompei) e curò la realizzazione in città di un Museo Farnesiano, trasferendo dalle residenze di Roma e Parma parte della ricca collezione ereditata dalla madre Elisabetta Farnese.

Si deve al figlio Ferdinando IV il progetto di riunire nell’attuale edificio, sorto alla fine del 1500 con la destinazione di cavallerizza e dal 1616 fino al 1777 sede dell’Università, i due nuclei della Collezione Farnese e della raccolta di reperti vesuviani già esposta nel Museo Ercolanese all’interno della Reggia di Portici.

Dal 1777 l’edificio fu interessato da una lunga fase di lavori di ristrutturazione e progetti di ampliamento, affidati agli architetti F. Fuga e P. Schiantarelli. Nel decennio della dominazione francese (1806-1815) furono realizzati i primi allestimenti e con il ritorno dei Borbone a Napoli nel 1816 assunse la denominazione di Real Museo Borbonico. Concepito come Museo universale, ospitava istituti e laboratori (la Real Biblioteca, l’Accademia del Disegno, l’Officina dei Papiri), successivamente trasferiti in altre sedi nel 1957.

Le collezioni del Museo, divenuto Nazionale nel 1860, sono andate arricchendosi con l’acquisizione di reperti provenienti dagli scavi nei siti della Campania e dell’Italia Meridionale e dal collezionismo privato. Il trasferimento della Pinacoteca a Capodimonte nel 1957 ne determina l’attuale fisionomia di Museo Archeologico.